El  área de Residuos Peligrosos es la autoridad de aplicación de la Ley de Residuos Peligrosos N° 8.973/03 y su Decreto Reglamentario 2.149/2003 de adhesión a la Ley Nacional 24.051.

El área lleva y mantiene actualizado un Registro de Generadores, Operadores y Transportistas de Residuos Peligrosos, así como los movimientos y gestión de los mismos, por medio de distintos procesos administrativos y de control.

Desde esta dependencia, se emite el Certificado Ambiental Anual, que será requisito necesario para que la autoridad que en cada caso corresponda, pueda proceder a la habilitación de las respectivas industrias, transportes, plantas de tratamiento o disposición y otras actividades en general que generen u operen con residuos peligrosos.